Publicação científica trimestral do CREMERJ - volume 3 - número 2 - 2024

47 Med. Ciên. e Arte , Rio de Janeiro, v.3, n.2, p.7-64, mai-ago 2024 Testes diagnósticos em doenças infecciosas Fernando S.V. Martins et al. Sequenciamento direcionado No sequenciamento direcionado (tNGS, do inglês target next-generation sequencing ), o alvo de interesse, usualmente um gene comum a vários microrganismos (tal como o gene 16S rRNA), é amplificado diretamente do espécime clínico. (60) Em sequência, os produtos amplificados são sequenciados, possibilitando a detecção e identificação da composição do microrganismo em foco. Plataformas genômicas de referência ser- vem de base para análise comparativa e interpretação. Metagenômica (mGNS) A metagenômica é uma abordagem de sequenciamento genético imparcial que usa tecnologia de alto rendimento para sequenciar bilhões de fragmentos de ácido nucleico simultaneamente. Ao contrário dos métodos tradicionais de PCR que requerem primers específicos, a metagenômica é um método de sequenciamento que não depende de hipóteses diagnósticas para direcionar a identificação do patógeno. Entretanto, é necessária uma análise de bioinformática para subtrair o DNA do hospedeiro, a fimde identificar os ácidos nucleicos microbianos, combinando leituras de DNA e RNA com bibliotecas genéticas de todos os micror- ganismos conhecidos, incluindo bactérias, vírus DNA e RNA, fungos e parasitas. (61) Ametagenômica tem aberto novas pers- pectivas para o esclarecimento da etio- logia das doenças infecciosas. Pode ser extremamente útil no contexto da investi- gação diagnóstica commúltiplas possibili- dades etiológicas, no cenário de emergência de um novo patógeno e na identificação de microrganismos de difícil cultivo. A utili- zação da metagenômica na prática clínica ainda é restrita e de custo elevado, mas a tendência é que progressivamente se torne mais disponível e de custo mais acessível. Confirmação diagnóstica através de isolamento em cultivo O isolamento primário dos agentes in- fecciosos, particularmente das bactérias e dos fungos, é comumente realizado em condições ótimas de pH, temperatura, con- dições atmosféricas, em meios de cultivo adequados ao microrganismo em questão e por vezes enriquecidos (com sangue, soro, líquido ascítico). Do ponto de vista clínico, a grande vantagem da cultura sobre os ou- tros métodos de confirmação diagnóstica é viabilizar a determinação subsequente da suscetibilidade do microrganismo aos antimicrobianos. Para a maioria das bactérias de impor- tância médica, asseguradas as condições adequadas de cultivo, o crescimento in vitro é geralmente detectável em 18 a 24 horas. Para considerar uma cultura como negativa, porém, é prudente aguardar al- guns dias (de 2 a 5 dias), dependendo da amostra processada e do agente infeccioso presumido. Para microrganismos de cres- cimento lento, como as micobactérias e os